Eski adı Passawanda’dır. Daha sonraki adı Kisthene’dir. Yerleşim merkezinin kuzeyinde, deniz kıyısında, Erken Tunç Çağı’ndan itibaren kesintisiz yerleşilmiş Kızçiftliği Höyüğü vardır. Burada Prof. Dr. Engin Beksaç önemli incelemeler yapmıştır. Buradan çıkan seramik malzeme, ilçenin M.Ö. 1200’den daha erken tarihlere giden süreçlerden itibaren Ege Adaları ve Batı Ege kıyıları ile sıkı ticari ilişkide olduğunu anlatmaktadır. İlçenin değişik kesimlerinde de arkeolojik buluntulara rastlanmaktadır. Bunların en önemlilerinden birine Gömeç ve Ayvalık ilçeleri sınırı yakınlarında Prof. Engin Beksaç tarafından rastlanmıştır. Daha öncede kayıtlarda adı geçen bu yerleşme ve Keremköy çevresinde var olan tüm buluntular ortadan kaldırılmıştır. Ayrıca yeri bulunamamakla beraber Amasya’nın Strabon Pyrrha isimli burun üzerinde Aphrodision (Aprhrodite ait bir tapınak) bulunduğunu söyler.
İlçe merkezi 400-500 yıl öne 1 km. batıda, Balıbahçe mevkiinde ‘Ağaköy’ adı ile kurulmuş; daha sonra bugünkü yerine taşınarak, Emrutabat adı zamanla Armutova’ya dönüşmüştür. Merkezde yoğun arıcılık yapıldığından, merkeze bal peteği anlamında “Gömeç” adı verilmiştir. Gömeç adı Bucak Merkezi, Armutova adı ise, tüm Bucak’ın adı olarak kullanılmıştır. Gömeç 1. Dünya Savaşı’nda Yunan işgaline uğramış, 6 Eylül 1922 tarihinde düşmandan kurtarılmıştır. Karaağaç Kasabası, İstiklal Savaşı sırasında Ali Çetinkaya’nın komutasında Karaağaç Cephesi Komutanlığı kurulmuştur.
Gömeç Belediyesi, 1913’te kurulmuştur. 1928 yılında kaldırılmıştır. Daha sonra 16.12.1955 tarihli Müşterek Kararname ile kurulmuş: 1956 yılında faaliyete geçmiştir. Daha sonra 1991 yılında ilçe olmuş ve faaliyetlerine ilçe olarak devam ettirmektedir. Kuzey Ege’nin sert poyrazına inat sıcak kanlı ve güler yüzlü insanlarıyla bilinen arkasına bir doğa harikası olan Atatürk Kayalıklarını almış, önünde Edremit Körfezi’nin en billur sularının uzandığı, tarihle doğanın asırlardır iç içe yer aldığı Balıkesir’in en şirin ilçesidir Gömeç, İzmir ve Ayvalık’a yolu düşenlerin mutlaka uğradığı, kalabalık şehir hayatından bunalanların, sessizlik ve sakinlik arayanların huzurla buluştuğu bir verdir. Bir yanında 17 km uzağında komşu İlçesi Burhaniye, diğer yanında aynı mesafede Ayvalık ilçesi ile kardeşçe yaşayan bu yörede farklı kültürler yıllardır varlığını sürdürmektedir.